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1.中性粒细胞缺乏 (粒缺) 伴发热

【共识2】低危且无明显感染灶的患者，如经抗菌药物治疗≥7d未明显好转可考虑在送检血培养的同时送检外周血标本mNGS；高危患者初始经验性治疗72～96h无效时，推荐送检传统微生物学检测的同时送检血液mNGS。

2.血流感染 (BSI)

【共识3】疑似BSI患者，在留取血培养标本的同时留取血浆样本，于-80℃暂存；如72h内血培养阴性且抗感染治疗无改善的患者，推荐将留存样本进行mNGS。疑似脓毒症的重症患者，建议送检血培养同时送检血mNGS。

3.下呼吸道感染

【共识4】下呼吸道感染患者首选支气管肺泡灌洗液 (BALF) 送检传统微生物学检测，难以进行支气管肺泡灌洗的患者，可以选择深部痰进行检测，并同时留取标本冻存。如抗感染治疗≥72h感染症状无好转或影像学表现持续加重的患者，建议送检留存标本行mNGS检测。如为重症下呼吸道感染或有快速进展为重症的危险因素患者，建议同时送检传统微生物学检测及mNGS。

鉴于血液病患者肺部感染病原谱广，部分病原难以培养或传统检测不能覆盖，且混合感染常见，推荐对于经验性抗感染治疗无效及重症下呼吸道感染患者在完善传统微生物学检测的同时，采用BALF mNGS进行病原诊断。

血液mNGS对于下呼吸道感染病原诊断效果局限。

4.中枢神经系统感染 (CNSI)

【共识5】疑似CNSI，推荐脑脊液在送检传统微生物学检测的同时送检mNGS，在流程上建议选择DNA检测，仅在考虑RNA病毒感染时完善RNA检测流程。

CNSI时外周血与脑脊液病原分离现象 (脑脊液存在感染病原，而外周血不能检出) 并不少见。因此，对于疑似CNSI患者，不推荐外周血作为替代样本进行mNGS检测。

5.肠道或腹腔感染

【共识6】疑似肠道感染患者推荐首选传统微生物学检测，粪便样本病原mNGS 检测可作为补充。疑似腹腔感染，首选感染部位样本送检，如不能获得感染部位样本可选择血液样本送检，但检出性能有限，不作为常规推荐。

对于腹腔感染，如患者已进展为脓毒症休克，推荐首选血液样本mNGS，而相对症状较轻的患者可以选择腹水或血液样本送检。

6.皮肤软组织感染

【共识7】推荐对累及深部或播散性的皮肤软组织感染患者，在完善感染部位标本传统微生物学检测的同时送检mNGS，如不能获得感染灶局部样本，可选择外周血。

皮肤软组织是血液病患者感染常见的累及部位，这类感染容易继发播散，同时也可为播散性感染的表现之一。mNGS对于皮肤软组织感染的优势在于阳性率高、覆盖谱广及对混合感染的识别能力强。在送检时，应首选局部样本，其病原检出率高于血液样本。对于播散性感染，在不能获得局部样本时可选择外周血作为替代或根据临床具体情况选择感染部位以及血液样本平行送检。

7.泌尿系统感染

【共识8】对于复杂性泌尿系统感染、移植后泌尿系统感染在完善传统微生物学检测后不能获得病原学证据或治疗不佳的患者可尝试尿液mNGS。

对于传统微生物检测阴性的泌尿系统感染的患者，可尝试进行尿液mNGS，如感染灶在肾脏，首选穿刺采集组织送检。

【共识11】无菌采集获得的样本检出病原，应结合临床考虑致病微生物的可能，但需注意排除定植。

对于外周血、组织、脑脊液、胸腹水及其他穿刺液等正常无菌样本，mNGS检出的细菌与真菌应结合当地感染流行病学、患者感染部位及定植情况考虑其是否为致病病原。样本中单一高序列细菌或真菌检出往往代表其是致病微生物可能性较高，而对于多种微生物检出，其解读应结合检出病原的常见定植部位及可能的微生物或其核酸的入血途径进行判断。例如，肠道或腹腔感染时，肠道黏膜屏障的破坏可引起多种肠道微生物 (或其核酸) 入血，血液mNGS可出现多种微生物检出的可能，一方面不能除外发生混合病原BSI，另一方面也可能仅为核酸入血。

【共识12】外周血样本mNGS报告中DNA类病毒检出常见，并非均为感染病原。

血液病患者mNGS报告中病毒检出常见，且往往可有多种病毒检出，并非均是感染病原，同时，病毒检出不等同于病毒复制，需结合核酸定量PCR检测评估其载量。如mNGS阳性但定量PCR阴性，需谨慎判断为病原的可能。

【共识13】非无菌样本的结果应结合临床、标本类型、传统微生物学检测结果共同判断。

【共识14】耐药基因的检出，应在充分考虑基因型与耐药表型对应性的基础上进行判断。

不同细菌耐药基因与表型的一致性差异较大，部分耐药基因可能存在携带而不表达的情况，如铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌染色体携带AmpC基因但其未必表达，AmpC基因检出不等同于耐药；而部分基因一旦检出则应高度考虑耐药的存在，如常见的碳青霉烯类耐药基因。

对于非无菌部位样本，如痰液、BALF等，多种微生物检出常见，其耐药基因的检出应考虑与病原的对应情况，例如mecA基因的检出可能出自金黄色葡萄球菌，但也可能来自凝固酶阴性葡萄球菌，需结合病原匹配情况进行解读。同时，值得注意的是，无耐药基因型检出不等于敏感，这往往与检出病原的序列低导致基因覆盖度不够未能检出耐药基因有关。

【共识15】病原mNGS检测属于定性检测范畴，序列高低不等同于体内病原载量。

鉴于目前我国主要使用的病原mNGS检测手段仍属于定性检测水平，序列数高低不等同于病原载量，应审慎应用于疗效评价，同时应结合人源背景、测序数据量等综合评估。此外，对于不同样本之间因实验流程、人源比例均存在较大差异，不可直接进行序列数比较来评估疗效。

【共识16】不推荐将mNGS阴性作为排除感染的标准。

尽管mNGS病原检出率高于传统微生物学检测，但仍存在漏检可能，常见原因主要包括：①标本中人源背景高，微生物核酸比例过低导致未能检出，例如脑脊液样本中病毒检出的灵敏度对标定量PCR 检测存在漏检可能；②感染灶隐匿，无游离病原核酸释放入血，例如肝脾念珠菌病时，病原相对局限；③患者粒缺状态，病原主要以完整细胞形式存在，血液中无病原游离核酸存在；④感染病原细胞壁较厚，破壁程度不足导致漏检，例如隐球菌和结核分枝杆菌；⑤标本代表性不足或质量不佳。